절의 역사에 대해서는 사찰의 동쪽 입구에 위치한 1944년에 세운 사적비 내용이 현재로서 유일 하다. 이를 통해 보면, 자명사(自鳴寺)는 신라시대인 678년(문무왕 18)에 선설대사가 창건했는데 당시 이름은 자웅사(自雄寺)였다. 그 뒤 조선시대 중기에 당시의 권세가인 민인재(閔隣宰)가 용안읍에서 살 때 자웅사에서 소 우는 소리가 읍내에 가득 퍼지는 꿈을 꾸고는 기이하게 생각하고 절을 ‘자명사’로 고쳤다고 한다. 그 뒤 기혜, 신봉, 성암스님 등이 이어서 중수하였고, 근대에 와서는 1943년에 진명대사가 중건을 하면서 절 모습을 일신했다.
법화스님이 주지로 부임하여 법당을 1991년에 중수하고 요사도 고쳐 지었다. 현재 사찰 경내에서 통일 신라 시대까지 소급될 수 있는 유물은 전하고 있지 않지만, 주변에서 발견되는 기와, 토기편 등의 유물과 경내의 고목을 통해서 절이 오랜 역사를 지닌 고찰임을 짐작할 수 있다.